二零零零年—就像N.E.S.T.S组织预料的一样，全球的恐怖事件正一轮接一轮的展开着。与此同时哈迪兰上校（Heidern）与他的部下觉得事情与K’，Maxima他们两人有关，并策划去调查他们。正当哈迪兰上校准备跟踪K’与Maxima时却得知令一场格斗比赛即将开幕—K.O.F.2000。世界各地的格斗家收到了邀请卡准备全力应战，但是他们万万没想到的是K’与Maxima也在队伍中。此外，神秘组织N.E.S.T.S所发出的邀请卡意味着第二阶段的计划已经开始了。神秘组织N.E.S.T.S的行动是个巧合？又或者是……？只有时间才能证明这一切。就像暴风雨之前的平静，混乱即将开始，拳皇大赛又开幕了。
一九九九年—送到世界各地的格斗家面前的一封邀请卡—举行拳皇大会！但今次跟以往不同，这次没有像以往大会般世界性规模的热闹气氛，格斗家们感到很奇怪，而且在对战形式上有了新的规定……〖对战的形式是3对3但今次大会是采用Striker Match〗格斗家们对这种KOF99没有听过的对战形式显得有些不知所措。另一方面，希顿上校感到今次的大会内理一定有可疑，所以便派出莉安娜等人参加，调查今次的大会真相。
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KOF98没有单独的故事情节，是单纯的体会对战乐趣的游戏。这场被称为”永不结束的梦之战”的作品将前面各代的人气角色聚集一堂，共有50多位角色可以选用，收录了KOF系列除了藤堂香澄、高尼茨、如月影二、大蛇以及96BOSS队之外的所有角色。“老爸队”重出江湖，自KOF94后就再没登场的“美国队”也重新加入到格斗大会，甚至KOF初期的BOSS主角卢卡尔也参加。唯一值得遗憾的就是KOF96的BOSS队没有回来。
一九九七年—众格斗家的决胜战之后，高尼兹突然出现的破坏引起了很大的回应，市民争相希望了解，当天究竟发生了什么事情。主办机构亦忙于向那次特别事件作出解释（说是由恐怖分子引起的事端）及处理善后的问题。但想不到K.O.F.96大会的成功，不单引起了格斗潮流，更引起了数间巨大企业的兴趣，并以赞助者的名义期望举办K.O.F.97，更渴望K.O.F.97之声就此日渐壮大。在一遍群情汹涌下，K.O.F.97正式落实举行了。大会决定举办后，世界各地的武道家都会纷纷云集。而在大赛前，出现了与京有宿世姻缘的女友阿雪，并且教十分仰慕他的矢吹真吾—草薙流古武术。八神庵，莉安娜体内的邪恶力量亦随时爆发。此时，引人注目的七枷社，莎米，克里斯登场，这三人的真正身份竟然是大蛇的四天王，紧接而来的巨大突变，是大蛇藉三人转化为实体，以克里斯的身体构成大蛇的肉身！传说之中最强，最惊人的暗黑力量主人—大蛇OROCHI终于出现了！结果OROCHI败于三神器的京，八神及神乐的手上。八神被神乐救回神舍修养，而京却被N.E.S.T.S组织生擒回去，成为复制人的元素。
